Daur biogeokimia adalah suatu proses peredaran atau atau perputaran yang di dalamnya berlangsung penggunaan dan pelepasan unsur-unsur anorganik yang esensial bagi tubuh serta melibatkan peristiwa biologis, geologis, dan kimia. Daur ini meliputi interaksi antara tanah, atmosfer ( udara), air laut, dan air tawar, serta makhluk hidup.
Selain makhluk hidup yang menggunakan dan melepaskan unsur-unsur anorganik itu, ada makhluk hidup lain yang terlibat dalam proses daur ulang, yaitu mikroorganisme tertentu (jamur dan bakteri). Mikroorganisme tersebut berperan sebagai decomposer yang membusukan dan melepaskan unsur-unsur anorganik dari tubuh makhluk hidup atau organisme yang telah mati atau dari produk-produk buangannya. Daur biogeokimia dapat berlangsung karena adanya aliran energi dan jarring-jaring makanan dalam ekosistem.
- Daur C (siklus Karbon)
Daur Karbon dimulai dengan fiksasi senyawa karbondioksida dari udara oleh tumbuhan hijau atau organisme autotrof lainnya. Melalu proses fotosintesis, senyawa karbohidrat diubah menjadi molekul-molekul karbohidrat. Senyawa karbohidrat juga dapat diubah menjadi berbagai senyawaorganik lainnya, termasuk lemak dan protein yang diperlukan untuk menyusun tubuh tumbuhan.
- Daur Fosfor
Di alam, fosfor terdapat dalam dua bentuk, yaitu senyawa fosfat organik (pada tumbuhan dan hewan) dan senyawa fosfat anorganik (pada air dan tanah). Fosfat organik dari hewan dan tumbuhan yang mati diuraikan oleh dekomposer (pengurai) menjadi fosfat anorganik. Fosfat anorganik yang terlarut di air tanah atau air laut akan terkikis dan mengendap di sedimen laut. Oleh karena itu, fosfat banyak terdapat di batu karang dan fosil. Fosfat dari batu dan fosil terkikis dan membentuk fosfat anorganik terlarut di air tanah dan laut. Fosfat anorganik ini kemudian akan diserap oleh akar tumbuhan lagi. Siklus ini berulang terus menerus.
- Daur N
Meskipun ketersediaan nitrogen diudara sangat melimpah, hewan dan tumbuhan tidak dapat mengambil langsung dari udara. Hal itu disebabkan nitrogen bebas di udara terdiri atas molekul nitrogen (N2) yang stabil dan jumlah energy yang diperlukan untuk memecah ikatan dinitrogen tersebut relative besar. Nitrogen tersedia bagi tumbuhan hanya dalam bentuk ammonium (NH4+) da nitrat (NO3– ).
Gas nitrogen banyak terdapat di atmosfer, yaitu 80% dari udara. Nitrogen bebas dapat ditambat/difiksasi terutama oleh tumbuhan yang berbintil akar (misalnya jenis polongan) dan beberapa jenis ganggang. Nitrogen bebas juga dapat bereaksi dengan hidrogen atau oksigen dengan bantuan kilat/ petir. Tumbuhan emperoleh nitrogen dari dalam tanah berupa amonia (NH3), ion nitrit (N02- ), dan ion nitrat (N03- ).
Beberapa bakteri yang dapat menambat nitrogen terdapat pada akar Legum dan akar tumbuhan lain, misalnya Marsiella crenata. Selain itu, terdapat bakteri dalam tanah yang dapat mengikat nitrogen secara langsung, yakni Azotobacter sp. yang bersifat aerob dan Clostridium sp. yang bersifat anaerob. Nostoc sp. dan Anabaena sp. (ganggang biru) juga mampu menambat nitrogen. Nitrogen yang diikat biasanya dalam bentuk amonia. Amonia diperoleh dari hasil penguraian jaringan yang mati oleh bakteri. Amonia ini akan dinitrifikasi oleh bakteri nitrit, yaitu Nitrosomonas dan Nitrosococcus sehingga menghasilkan nitrat yang akan diserap oleh akar tumbuhan. Selanjutnya oleh bakteri denitrifikan, nitrat diubah menjadi amonia kembali, dan amonia diubah menjadi nitrogen yang dilepaskan ke udara. Dengan cara ini siklus nitrogen akan berulang dalam ekosistem.